高新技術(shù)企業(yè)的認(rèn)定沒有國家級和省級之分，但存在地區(qū)性的高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定情況。

一般來說，由科技部、財政部、稅務(wù)總局組成的全國高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定管理工作領(lǐng)導(dǎo)小組負(fù)責(zé)認(rèn)定高新技術(shù)企業(yè)，并頒發(fā)《國家火炬計劃重點(diǎn)高新技術(shù)企業(yè)證書》。地方科技部門可能會根據(jù)當(dāng)?shù)貙?shí)際情況，對高企認(rèn)定條件進(jìn)行調(diào)整，認(rèn)定資格只被當(dāng)?shù)卣J(rèn)可的企業(yè)。例如深圳市，就有自己的高新技術(shù)企業(yè)認(rèn)定標(biāo)準(zhǔn)和流程。