高新技術企業(yè)需要進行專項審計的原因主要有以下幾點：

1、合規(guī)性要求：根據《高新技術企業(yè)認定管理辦法》及相關政策，擬申請高新技術企業(yè)認定的企業(yè)必須通過專項審計來確保其財務和業(yè)務活動符合相關法律法規(guī)的要求。這有助于確認企業(yè)在技術創(chuàng)新能力、研發(fā)投入、科技成果轉化、知識產權以及高新技術產品收入等方面是否滿足高新技術企業(yè)的標準。

2、提高透明度：專項審計可以提高高新技術企業(yè)認定工作的規(guī)范性和透明度，確保企業(yè)提交的申請材料真實、準確、完整，從而維護高新技術企業(yè)認定過程的公正性和權威性。

3、風險控制：通過專業(yè)審計機構對企業(yè)的研發(fā)費用、高新技術產品(服務)收入等關鍵指標進行審查，可以幫助識別潛在的風險點，并提供改進建議，以促進企業(yè)的健康發(fā)展。

4、享受優(yōu)惠政策的前提：只有通過了專項審計并被正式認定為高新技術企業(yè)后，企業(yè)才能享受國家給予的一系列稅收優(yōu)惠和其他政策支持，比如降低企業(yè)所得稅稅率等。

5、持續(xù)改進和發(fā)展：專項審計不僅是對企業(yè)過去一段時間內經營情況的回顧，也是對其未來發(fā)展方向的一種指導。通過審計過程中發(fā)現的問題和建議，企業(yè)能夠更好地調整自身的經營策略，加強內部管理，提升市場競爭力。

綜上所述，專項審計對于高新技術企業(yè)來說是確保其合法合規(guī)運營、提高企業(yè)管理水平、享受政府優(yōu)惠政策和支持的重要步驟。